沿革
| 1967年昭和42年 | 10月7日 | 全国医科大学会議（仮称）として設立 事務局を東京大学構内（東京都文京区本郷7-3-1）に置く |
| 1967年昭和42年 | 10月14日 | 名称を全国医学部長病院長会議とする |
| 1968年昭和43年 | 6月15日 | 全国医学部長病院長会議事務局を順天堂医科大学構内（東京都文京区本郷2-1-1）に移転 |
| 1969年昭和44年 | 6月7日 | 日本医学教育学会設立 |
| 1969年昭和44年 | 9月6日 | 全国医学部長病院長会議事務局を 東京都文京区本郷2-36-5 ニュー本郷ビル3F に移転 |
| 1979年昭和54年 | 7月31日 | 日本医学教育学会を 東京都文京区本郷2-11-7 谷口ビル に移転 |
| 2003年平成15年 | 2月9日 | 全国医学部長病院長会議事務局を 東京都文京区湯島1-9-15 茶州ビル7F に移転 |
| 2003年平成15年 | 6月24日 | 医師臨床研修マッチング協議会に加入 |
| 2006年平成18年 | 2月1日 | 本会議のホームページ開設 |
| 2009年平成21年 | 1月31日 | 全国医学部長病院長会議事務局を 東京都文京区湯島1-3-11 お茶の水プラザビル8F に移転 |
| 2009年平成21年 | 5月末 | 医療安全全国共同行動に参加 |
| 2011年平成23年 | 4月 | 被災者健康支援連絡協議会に参加 |
| 2012年平成24年 | 1月22日 | 全国医学部長病院長会議事務局を 東京都文京区湯島1-3-11 お茶の水プラザビル4F に移転。旧事務局である8Fは会議室に。 |
| 2013年平成25年 | 9月20日 | 一般社団法人 全国医学部長病院長会議に正式に移行 |
| 2015年平成27年 | 12月1日 | 一般社団法人 日本医学教育評価機構設立 |